Biologisk sekvensanalyse
Kursusindhold
Hvilke biologiske informationer kan vi opnå fra sekvenser? I løbet af kursus vil vi behandle algoritmer, som arbejder på DNA-, RNA- og proteinsekvenser og har en bred række mål, fra sammenligning af sekvenser for at forstå deres evolutionære forhold til at udtrække information for at forudsige tredimensionelle strukturer.
Biological Sequence Analysis
Bacheloruddannelsen i bioinformatik
Viden
- Viden om og forståelse af de vigtigste algoritmer brugt til
- Sammenligning af sekvenser - pairwise, multiple alignment
- Metoder for søgning i store sekvensdatabaser
- Hidden Markov Modeller af biologiske sekvenser
- Sekvensbaserede metoder for strukturmodellering - protein, RNA
- Udvalgte store sprogmodeller i bioinformatik
- Forståelse af den biologiske kontekst af algoritmerne, og hvordan den indgår i deres udvikling
Færdigheder
- Kan forklare algoritmer og metoder behandlet i kursus, inklusive deres begrænsninger
- Kan vælge velegnet metoder for givet biologiske problemer og spørgsmål
- Kan bruge standard computerprogrammer til biologisk sekvensanalyse
- Kan tolke resultater fra biologisk sekvensanalyse
Kompetencer
- Deltage i diskussioner om algoritmer og metoder og interpretation af resultater fra biologisk sekvensanalyse - med bioinformatiker og fagfolk fra relaterede discipliner
- Bidrage til tværfaglige forskningsprojekter som inddrager biologisk sekvensanalyse
Forelæsninger, teoretiske øvelser og praktiske (computer)øvelser, pair programming
Se Absalon.
Grundlæggende biokemi- og molekylærbiologi og grundlæggende matematik, programmering
- ECTS
- 7,5 ECTS
- Prøveform
-
Mundtlig prøve, 20 minutter, med 20 minutter forberedelsestid
- Prøveformsdetaljer
- Mundtlig prøve på 20 minutter (herudover votering og karaktergivning) med 20 minutter forberedelse, baseret på prædefinerede spørgsmål indenfor kursets emner.
- Eksamensforudsætninger
-
Der stilles 5-6 opgaver i løbet af kurset, hvoraf alle undtagen én skal godkendes for at deltage i eksamen.
- Hjælpemidler
- Alle hjælpemidler tilladt
- Bedømmelsesform
- 7-trins skala
- Censurform
- Ekstern censur
- Reeksamen
-
Samme som den ordinære eksamen.
Hvis opgaverne ikke er godkendt, skal de senest tre uger før re-eksamen være afleveret og senest to uger før reeksamen være godkendt af kursusansvarlig.
Kriterier for bedømmelse
For at opnå karakteren 12, skal den studerende overbevisende og præcist kunne demonstrere viden, færdigheder og kompetencer som beskrevet under målbeskrivelsen.
- Kategori
- Timer
- Forelæsninger
- 36
- Forberedelse (anslået)
- 123
- Teoretiske øvelser
- 24
- Praktiske øvelser
- 8
- Eksamensforberedelse
- 14
- Eksamen
- 1
- Total
- 206
Kursusinformation
- Undervisningssprog
- Dansk
- Kursusnummer
- NBIB25003U
- ECTS
- 7,5 ECTS
- Niveau
- Bachelor
- Varighed
-
1 blok
- Placering
- Blok 1
- Skemagruppe
-
A (tirs 8-12 + tors 8-17)
- Kapacitet
- Ingen begrænsning – medmindre du tilmelder dig i eftertilmeldingsperioden (BA og KA) eller som merit- eller enkeltfagsstuderende.
- Studienævn
- Studienævn for det Biologiske Område
Udbydende institut
- Biologisk Institut
Udbydende fakultet
- Det Natur- og Biovidenskabelige Fakultet
Kursusansvarlig
- Amelie Stein (12-66726a716e6a3378796a6e7345676e7433707a336970)
Er du BA- eller KA-studerende?
Kursusinformation for indskrevne studerende