Bioinformatik: metoder og anvendelse

Kursusindhold

Anvendelse af bioinformatiske metoder er nødvendig for brug af biologiske data i bioteknologi. I dag er bioinformatik en integreret del af bioteknologi på universiteter og i biotekfirmaer.

Kurset giver forståelse af bioinformatiske metoder til analyse af biologiske data i den moderne bioteknologiske forskning. De studerende arbejder med eksempler på hvilke bioinformatiske metoder, der benyttes i forskellige forskningsområder, som for eksempel enzym discovery og produktion af proteiner i værtsorganismer.

Kurset giver den nødvendige viden og forståelse for hvilke metoder der skal bruges til at analysere givne biologiske data og understøtter dermed arbejdet med a udvikle bioteknologiske løsninger. Forståelsen omfatter kompetencer til at afgøre valg af metoder for givne data og til kritisk analyse af resultater.

Kompetencer omfatter:

  • At forstå basal terminologi og grundlæggende bioinformatiske metoder og deres anvendelsesmuligheder.
  • Hands-on erfaring med bioinformatiske metoder, værktøjer og databaser
  • Vurdere valg af metoder og hvordan resultaterne fortolkes

 

Herigennem vil der blandt andet blive arbejdet med følgende:

  • Forståelse og brug af relevante biologiske databaser
  • Gensekventerings analyser, sammenlignende sekvensanalyser og genotyping
  • Analyse af regulatoriske DNA-sekvenser herunder cis regulatoriske elementer og placering af gener i genomer.
  • RNA og protein strukturforudsigelser
  • Analyser af multigen familer, herunder fylogeni og bioteknologisk relevante enzymfamilier
  • Analyse af genekspression vha. transcriptomics
  • Kodon-optimering for protein produktion
  • Udførelse af bioinformatiske analyser i programmeringsbaseret software
Engelsk titel

Bioinformatic: Methods and Application

Uddannelse

Bacheloruddannelsen i bioteknologi

Bacheloruddannelsen i molekylær biomedicin

Målbeskrivelse

Kursets hovedformål er at formidle grundlæggende principper og anvendelsesmuligheder af bioinformatiske metoder. Kurset er bygget op omkring eksempler på elementer fra relevante forskningsområder, og hvordan bioinformatiske værktøjer kan understøtte arbejdet.

Der lægges vægt på hands-on erfaring og kritisk vurdering af valg og brug af metoderne, herunder anvender data herfra. De studerende lærer at bruge bioinformatik til at finde løsninger og kvalificere resultaterne.


Når kurset er færdigt forventes den studerende at:

Viden:

  • Have viden om og kunne søge information i eksisterende DNA, RNA- og proteinstrukturdatabaser og genome browsers
  • Have forståelse for principperne bag bioinformatiske værktøjer og databaser
  • Have viden om RNA- og proteinstruktur
  • Kende principper for klassifikation af proteiners 3D strukturer og -modellering
  • Have viden om genomics og transcriptomics 

 

Færdigheder:

  • Kunne vurdere kvalitet af bioinformatiske data
  • Vurdere valg af input data og digitale værktøjer og forholde sig kritisk til output data
  • Udforske enzymfamilier og deres slægtskab
  • Kunne fremstille 3D-protein strukturer baseret på computerbaseret komparativ modellering
  • Skal kunne udføre genomanalyser og søge efter regulatoriske DNA motiver og elementer
  • Kunne bruge analyser af multigen familer, herunder fylogeni og bioteknologisk relevante enzymfamiler

 

Kompetencer:

  • Forholde sig kritisk til valg af og brug af digitale værktøjer baseret på en forståelse af de grundlæggende principper bag bioinformatik
  • Forholde sig kritisk til input og output af data og resultater opnået ved brug af bioinformatiske metoder, herunder refleksion over tilgang til data, valg af digitale værktøjer og genereret data
  • Skal kunne udvælge metoder for at analysere givne data og finde bioteknologiske løsninger

Kurset er baseret på forelæsninger, gruppediskussioner og øvelser. De studerende får en problemstilling de skal præsentere ved en studenterkonference - hvordan de vil foreslå hvordan de vil tilgå og anvende de metoder de har fået præsenteret gennem kurset. Grupperne skal ligeledes opponere en af de andre gruppers præsentation.

Se litteratur i Absalon – tekstbog og artikler i begrænset omfang og noter, herunder vejledninger til computerøvelser

Viden om DNA, RNA, proteiner og geners opbygning og funktioner.
Desuden basal genetik og statistik.

Løbende feedback i undervisningsforløbet
Peerfeedback (studerende giver hinanden feedback)
ECTS
7,5 ECTS
Prøveform
Skriftlig stedprøve, 3 timer med opsyn.
Prøveformsdetaljer
Spørgsmål i curriculum baseret på at de studerende får en problemstilling, hvor de skal begrunde valg af metoder, hvordan data vurderes og forklare de værktøjer, der skal benyttes.
Krav til indstilling til eksamen

Deltagelse i studenterkonference, både med præsentation og som opponent

Hjælpemidler
Alle hjælpemidler tilladt

AI-baserede værktøjer er tilladt

Bedømmelsesform
7-trins skala
Censurform
Ingen ekstern censur
Flere interne bedømmere
Reeksamen

Mundtlig prøve, 20 minutter uden forberedelsestid. 10 min eksamination i en case, som er givet en uge før eksamen af kursusansvalig efterfulgt af 10 min spørgsmål i pensum.

Hvis krav for indstilling til eksamen ikke er opfyldt afleveres en powerpoint præsentation af en udleveret problemstilling 2 uger før eksamen.

Kriterier for bedømmelse

For at opnå 12 skal den studerende opfylde læringsmålene

Enkeltfag dagtimer (tompladsordning)

  • Kategori
  • Timer
  • Forelæsninger
  • 35
  • Forberedelse (anslået)
  • 108
  • Teoretiske øvelser
  • 60
  • Eksamen
  • 3
  • Total
  • 206

Kursusinformation

Undervisningssprog
Dansk
Kursusnummer
NPLB24004U
ECTS
7,5 ECTS
Niveau
Bachelor
Varighed

1 blok

Placering
Blok 1
Skemagruppe
A (tirs 8-12 + tors 8-17)
Kapacitet
75
Der kan være færre pladser, hvis du tilmelder dig i eftertilmeldingsperioden (BA og KA) eller som merit- eller enkeltfagsstuderende.
Studienævn
Studienævn for det Biologiske Område
Udbydende institut
  • Institut for Plante- og Miljøvidenskab
Udbydende fakultet
  • Det Natur- og Biovidenskabelige Fakultet
Kursusansvarlig
  • Kirsten Jørgensen   (3-6d6b6c42726e6770306d7730666d)
Gemt den 14-02-2024

Are you BA- or KA-student?

Are you bachelor- or kandidat-student, then find the course in the course catalog for students:

Courseinformation of students