Bioinformatik 1
Kursusindhold
Databaser
DNA og protein sekvens alignments, herunder pairwise og
multiple aligments og BLAST
Molekylær fylogeni og bootstrapping
RNA og Transcriptomics
Genom annotering og gene finding (protein kodende)
Motiv søgning
Genom analyser
Klassifikation af 3D-proteinstrukturer, sekundær struktur forudsigelse og 3D-struktur (komparativ) modellering
Bioinformatics 1
Bacheloruddannelsen i bioteknologi
Bacheloruddannelsen i molekylær biomedicin
Kursets hovedformål er at uddanne de studerende til at forstå
grundlæggende bioinformatiske metoder og deres
anvendelsesmuligheder. Der er lagt vægt på hands-on erfaring samt
at der opnås en grundlæggende forståelse for de bagvedliggende
principper, således at de studerende bringes i stand til at de
udnytte de enorme mængder tilgængelige data til at opnå biologisk
viden, og til at kunne forholde sig kritisk til resultater opnået
ved brug af bioinformatiske metoder.
Når kurset er færdigt forventes den studerende at:
Viden:
- kunne beskrive opbygning af molekylære og
proteinstrukturdatabaser
- have viden om Gene Ontologies
- kunne beskrive grundlæggende love og principper for de mest
udbredte bioinformatiske metoder til parvis og multiple
sekvenssammenligning, fylogeni, detektion af sekvensmotiver,
(herunder f.eks. bindingsites i promotorer)
- have kendskab til principper i gen findning af protein kodende og
ikke-kodende RNA gener
- have kendskab til principper i genom analyse
- have kendskab til principper i motiv søgning
- kunne beskrive grundlæggende principper for klassifikation af
proteiners 3D strukturer og -modellering
- have viden om transcriptomics
Færdigheder:
- søge viden i eksisterende DNA, RNA og
proteinstrukturdatabaser og genome browsers
- udføre parvise og multiple sammenligninger af sekvenser
- fremstille og forstå fylogenetiske træer
- søge efter og identificere sekvensmotiver
- udføre grundlæggende genomanalyse
- grundlæggende håndtering af data ifbm sekvens assembly/read
mapping
- søge efter bindings motiv i DNA
- søge efter ikke-kodende RNA gener
- søge viden i og bruge eksisterende transcriptomics databaser
- fremstille 3D-protein strukturer baseret på computerbaseret
komparativ modellering
Kompetencer:
Forholde sig kritisk til valg af og brug af bioinformatiske
værktøjer baseret på en forståelse af de grundlæggende principper
bag bioinformatik. Forholde sig kritisk til resultater opnået ved
brug af bioinformatikse metoder.
Pr uge vil der i gennemsnit være 2-3 dobbelte forelæsninger, selvstændigt arbejde med teoretiske øvelser, gruppediskussioner og typsik 2-3 computerøvelser/cases
Udvalgte bogkapitler som f.eks. fra Understanding bioinformatics, Zvelebil and Baum, Garland Science , artikler i begrænset omfang og noter, herunder vejledninger til computerøvelser.
Viden om DNA, RNA, proteiner og geners opbygning og funktioner. Basal genetik.
Bemærkninger: Kapitel 1 i Understanding bioinformatics, Zvelebil and Baum, Garland Science (ISBM 0815340249) repræsenterer den faglige forudsætning.
Løbende feedback under afvikling af computerøvelser/cases. De studerende fremlægger computerøvelser/cases for hinanden og modtager peerfeedback.
- ECTS
- 7,5 ECTS
- Prøveform
-
Mundtlig prøve, 20 min. (uden forberedelse)Øvelser og cases der er indgået i undervisningen udgør udgangspunktet for eksaminationen. Den studerende trækker 2 af øvelserne/cases og fremlægger dem. Dernæst bliver der eksamineret i de udtrukne øvelser/cases og generelt i pensum.
- Hjælpemidler
- Kun visse hjælpemidler tilladt
Computerøvelser, cases og egne noter.
- Bedømmelsesform
- 7-trins skala
- Censurform
- Ingen ekstern censur
Flere interne bedømmere.
Kriterier for bedømmelse
•At kunne redegøre for principperne og anvendelserne af de i pensum angivne bioinformatikmetoder.
•Hands-on erfaring med bioinformatiske værktøjer
•Forståelse for de bagvedliggende teoretiske principper.
•At kunne forholde sig kritisk til resultater opnået ved brug af bioinformatiske metoder.
Enkeltfag dagtimer (tompladsordning)
- Kategori
- Timer
- Forelæsninger
- 35
- Forberedelse (anslået)
- 110
- Teoretiske øvelser
- 10
- Praktiske øvelser
- 50
- Eksamen
- 1
- Total
- 206
Kursusinformation
- Undervisningssprog
- Dansk
- Kursusnummer
- LBIB10123U
- ECTS
- 7,5 ECTS
- Niveau
- Bachelor
- Varighed
-
1 blok
- Placering
- Blok 1
- Skemagruppe
-
A (tirs 8-12 + tors 8-17)
- Kapacitet
- 60
- Studienævn
- Studienævn for det Biologiske Område
Udbydende institut
- Institut for Plante- og Miljøvidenskab
- Institut for Veterinær- og Husdyrvidenskab (IVH)
- Kemisk Institut
Udbydende fakultet
- Det Natur- og Biovidenskabelige Fakultet
Kursusansvarlig
- Søren Bak (3-72717b50807c757e3e7b853e747b)
Underviser
Institut for Plante- og Miljøvidenskab, Institut for Veterinær- og Husdyrvidenskab, Kemisk institut.
Are you BA- or KA-student?
Courseinformation of students