Kursussøgning, efter- og videreuddannelse – Københavns Universitet

Videresend til en ven Resize Print Bookmark and Share

Kursussøgning, efter- og videreuddannelse

Proteinkemi & enzymologi for biologer

Praktisk information
Studieår 2016/2017
Tidspunkt
Blok 3
Niveau Bachelor
ECTS 7,5 ECTS
Kursusansvarlig
  • Karen Skriver (8-717971786f7c6b7846686f7534717b346a71)
  • Biologisk Institut
Kursusnummer: NBIB16002U

Engelsk titel

Protein Chemistry & Enzymology for Biologists

Kursusindhold

Teoretisk kursus i proteinkemi og enzymologi. I kurset gennemgås aminosyrernes kemi og fysik, proteiners strukturelle niveauer, proteinstrukturbestemmelse, proteinstabilitet, proteinfleksibilitet, termodynamik af relevans for proteiner, proteinenzymkinetik og enzymmekanismer, protein-ligand interaktioner, proteinmodifikationer samt proteomanalyser. Under denne gennemgang lægges vægt på betydningen af proteinfunktion i biologiske systemer, bioteknologi og sygdomme. Dette uddybes bl.a. ved læsning af originallitteratur.

Målbeskrivelse

Undervisningen vil give de studerende en grundlæggende teoretisk og praktisk forståelse for proteiners struktur og funktion.

De studerende opnår indblik i sammenhængen mellem proteiners kemisk-fysiske egenskaber og deres funktion.

Viden:
Den studerende kan

  • Redegøre for aminosyrernes struktur, herunder visse posttranslationelle modifikationer, og funktionelle egenskaber
  • Redegøre for og beskrive primær- sekundær, tertiær og kvartenærstruktur
  • Redegøre for proteinmodifikationer i forbindelse med sekretorisk transport samt analytiske metoder i relation til dette emneområde
  • Redegøre for betydningen af proteinstruktur for proteinfunktion
  • Redegøre for almindelige begreber og analysemetoder inden for proteinevolution (lineær alignment, divergent/konvergent evolution, ortolog/paralog)
  • Redegøre for kovalente og ikke-kovalente interaktioner og fysiske kræfter af betydning for proteiner, herunder vands betydning for samme
  • Beskrive anvendelsen af metoder til analyse af proteinstrukturer (fluorescens spektroskopi, absorbtion, massespektrometri, cirkulær dikroisme, NMR-spektroskopi, røntgen diffraktion, krystallisation)
  • Beskrive metoder til proteinoprensning (kromatografi og elektroforese)
  • Redegøre for metoder og strategier inden for proteomics (tandem MS, SILAC, gær to-hybrid analyser, arrayteknikker)
  • Identificere og klassificere proteinstrukturer, herunder proteinklasser og udvalgte proteinmotiver samt have kendskab til databaser (SCOP, CATH, PDB)
  • Redegøre for steady-state og Michaelis-Menten enzymkinetik
  • Redegøre for kinetik og –termodynamik i relation til enzymfunktion og proteinstabilitet
  • Definere enzym, cofaktor, coenzym, holo- og apoenzym
  • Redegøre for og beskrive hvorledes enzymaktivitet kan reguleres in vivo og in vitro (hæmmere, regulatoriske enzymer, allosteri, feedback inhibering, reversibel kovalent modifikation, fosforylering, zymogen)
  • Redegøre for enzymatisk og inhibitorisk kontrol af blodkoagulations- og fordøjelsessystemet
  • Beskrive og forklare enzymmekanismer og –funktion (serinproteaser, glykosidaser (lysozym), metalloenzymer, syre-base katalyse, kovalent katalyse, metalion katalyse, nukleofil)
  • Redegøre for og beskrive proteinfoldning og -misfoldning samt proteinstabilitet
  • Beskrive assisteret proteinfoldning og chaperoner
  • Beskrive strukturelle og funktionelle aspekter af protein-ligand interaktioner
  • Redegøre for struktur og funktion af hæmoglobin, herunder også regulering, inhibering og relaterede sygdomme
  • Redegøre for protein eksport ud af cellen
  • Redegøre for biologiske membraners opbygning og topologi af membranproteiner
  • Redegøre for hydropati plot
  • Redegøre for membranproteiners funktion og struktur


Færdigheder:
Den studerende kan

  • Demonstrere forståelse for anvendelsen af metoder til analyse af proteinstrukturer (fluorescens spektroskopi, absorbtion, massespektrometri, cirkulær dikroisme, NMR-spektroskopi, røntgen diffraktion, krystallisation)
  • Demonstrere forståelse for metoder til proteinoprensning (kromatografi og elektroforese)
  • Forklare og vurdere proteomics analyser
  • Analysere proteinstrukturer, herunder proteinklasser og udvalgte proteinmotiver samt kunne anvende (PDB) og forstå (SCOP, CATH)databaser
  • Analysere, anvende og vurdere kinetiske og termodynamiske parametre (KM, Vmax, v0, kcat, KI, Ka, Keq, Kd, m, Cm, Tm, ∆G, ∆H, ∆S)
  • Anvende og vurdere anvendeligheden af metoden dobbelt reciprokt plot til bestemmelse af kinetiske parametre
  • Forklare og vurdere resultater fra kinetiske og termodynamiske analyser af proteiner
  • Anvende og vurdere termodynamiske og ligevægtsanalyser af protein-ligand interaktioner
  • Forklare allosteri og kooperativitet
  • Anvende og vurdere Hill plots og Scatchard plots til beregning af parametre af relevans for ligand-binding, herunder allosteri og kooperativitet
  • Analysere, vurdere og løse problemstillinger af proteinkemisk karakter i relation til en eller flere af kursets emneområder


Kompetencer:

  • Evner at diskutere, evaluere og perspektivere problemstillinger af proteinkemisk karakter i relation til en eller flere af kursets emneområder.

Anbefalede faglige forudsætninger

Første års kemi(KemiBio), matematik(MatStat) og almen biokemi(BioK1) forudsættes bekendt.

Tilmelding


Som meritstuderende - klik her!

Som enkeltfags-studerende (efter- og videreuddannelse) - klik her!

Uddannelse

Bacheloruddannelsen i biologi

Studienævn

Studienævn for Biologi og Husdyrvidenskab

Kursustype

Enkeltfag dagtimer (tompladsordning)

Underviser

Birthe B. Kragelund, Jakob Winther

Varighed

1 blok

Skemagruppe

C
---- SKEMA LINK ----

Undervisningsform

Forelæsninger og eksaminatorier.

Kapacitet

40

Undervisningssprog

Dansk

Undervisningsmateriale

Se Absalon.

Arbejdsbelastning

Kategori Timer
Forelæsninger 14
Eksamen 4
E-læring 2
Forberedelse 160
Kollokvier 26
Total 206

Eksamen

Prøveform

Skriftlig prøve, 4 timer med opsyn.
...

Hjælpemidler

Alle hjælpemidler tilladt

OBS: Hvis eksamen afholdes på ITX, stiller ITX computer til rådighed. Egen computer, tablet eller mobiltelefon må IKKE medbringes. Lærebøger og noter medbringes i papirform eller på USB-stik.

Bedømmelsesform

7-trins skala

Kriterier for bedømmelse

For at opnå karakteren 12, skal den studerende give en fremragende præstation, der demonstrerer udtømmende opfyldelse af fagets mål, med ingen eller få uvæsentlige mangler.

Censurform

Ekstern censur

Reeksamen

Som ordinær eksamen.

Hvis der er 10 eller færre tilmeldte bliver eksamensformen dog ændret til en 30 min. mundtlig eksamen på baggrund af to hovedspørgsmål. Eksamen har 30 min. forberedelse og er uden hjælpemidler (bortset fra papir, skriveredskaber og lommeregner).

Mere information om kurset
Er du BA- eller KA-studerende?
Er du bachelor- eller kandidat-studerende, så find dette kursus i kursusbasen for studerende:

Kursusinformation for indskrevne studerende