Molekylær økologi

Kursusindhold

Kurset har til formål at give de studerende viden og færdigheder i anvendelse af molekylære data til at besvare økologiske problemstillinger. Gennem kurset lærer den studerende at håndtere og analysere forskellige typer af molekylære data, og at anvende disse til at besvare økologiske og populationsgenetiske spørgsmål. Undervisningen består dels af forelæsninger og gennemgang af nyere litteratur samt af computerøvelser hvor den studerende opnår praktisk erfaring med brug af analytisk software. Herudover vil den studerende få præsenteret eksempler på hvordan molekylær økologiske tilgange anvendes i konkrete forskningsprojekter.

Engelsk titel

Molecular Ecology

Uddannelse

Bacheloruddannelsen i biologi

Målbeskrivelse

Kurset vil give den studerende teoretisk viden om populationsgenetiske tilgange til økologiske problemstillinger. Herunder anvendelse af forskellige statistiske metoder. Desuden vil coalescens baserede modeller indgå som en central del af faget. Gennem praktiske øvelser vil den studerende desuden få færdigheder i at anvende metoderne på diverse data.

Efter endt kursus har den studerende:

Viden:

  • Genetiske markører og deres molekylære baggrund
  • Populationsstruktur og populationsdifferentiering
  • Gængse statistiske metoder og deres anvendelse
  • Coalescens teori
     

Færdigheder:

  • Downloade sekvens datasæt og håndtere de mest almindelige dataformater: fasta, phylip, nexus
  • Foretage og forstå alignment af sekvenser og lave og tolke fylogenetiske træer som NJ, Maximum Likelihood og Baysian baseret fylogeni
  • Anvende molekylære data i populationsgenetiske analyser af gen diversitet, nucleotid diversitet,  bestemmelse af effektiv populationstørrelse og koblingsuligevægt
  • Anvende molekylære data til analyse af populationsstruktur og populationsblandinger, beregning af genetiske afstande, migration og gen-flow
  • Anvende molekylære data og software til at besvare fylogeografiske og demografiske problemstillinger.  
  • Anvende environmental DNA til analyse af forskellige organismers samfundstruktur samt til barcoding
     

Kompetencer:

  • Foretage kritisk analyse af nyere litteratur indenfor molekylær økologi
  • Vurdere metodevalg til analyse og økologiske og populationsgenetiske spørgsmål
  • Præsentere resultater af molekylære analyser både skriftligt og mundligt.

Undervisningen består af forelæsninger, hvor teorien bag analyserne gennemgås. Desuden vil der være computerøvelser, hvor de studerende lærer at anvende relevant software. Endelig vil der indgå mindre projekter, hvor de studerende gennem analyse af udleverede datasæt skal besvare relevante spørgsmål.

Se Absalon.
Der vil blive anvendt en lærebog samt artikler. Desuden indgår diverse software.

 

Det forventes at den studerende har bestået de obligatoriske fag på bachelorstudiet.

ECTS
7,5 ECTS
Prøveform
Mundtlig prøve, 20 minutter
Den mundtlige eksamen er baseret på en videnskabelig artikel, der udleveres 1 uge før eksamen, samt generelt i kursets gennemgåede stof.
Bedømmelsesform
7-trins skala
Censurform
Ingen ekstern censur
2 interne bedømmere.
Kriterier for bedømmelse

Se Målbeskrivelse.

Enkeltfag dagtimer (tompladsordning)

  • Kategori
  • Timer
  • Eksamen
  • 0,5
  • Forberedelse
  • 113,5
  • Forelæsninger
  • 12
  • Kollokvier
  • 10
  • Øvelser
  • 40
  • Projektarbejde
  • 30
  • Total
  • 206,0